堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺绶带，即日便即位为帝，改年号咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。
司马昱即位，是为晋简文帝，褚太后无须临朝听政，被尊为崇德太后，移居崇德宫。
桓温扶持司马昱登基后迅速开始了清除异己的步伐。
先是杀东海王三子，又上奏疏诬告司马晞：“晞，宗室之胄，宠荣赫奕，然弗能遵王度，修己慎行，反聚轻薄之徒，匿亡命之薮。又其子综，性傲且暴，肆虐百姓……
黜晞之职，令其以王之尊，还归藩国。并罢其子综之任，解其子??散骑常侍之职，以靖国本，安人心。”
晋简文帝于是同意，黜废司马晞及其三子，将司马晞全家迁徙到新安郡。司马晞遭贬黜后，送八十五匹马、三百名士兵及其兵器归于桓温。殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。