彧为幽州刺史，马腾接任皇甫嵩为凉州刺史，吕虔接任刘虞为并州刺史，沮授为冀州刺史。至于董卓等涉及洛阳动乱的诸多人员，尽皆交由廷尉府审查问罪。另行设立军法府，由田丰执掌，归皇帝直辖的统帅府管辖，位同九卿。自此军中之人涉及到违法犯罪之事，皆交由军法府处置。同时设立参谋府，亦归统帅府管辖，位同九卿，由荀攸执掌，大将军府则只保留长史及司马二职，其余如从事中郎戏忠、杜袭等尽皆归于参谋府。而作为何彧大弟子的徐庶也于此时进入到了参谋府之中。其后何彧又陆续征召到陈宫、程昱二人进入参谋府。
而在洛阳之乱中护卫二位皇子有功的许褚，则是在洛阳安定后的第三日才拖着李儒从濯龙园中出来，被新皇刘协封为镇殿将军，禁卫统领，统领禁卫三千。而庞德则表示想在征战沙场，于是被何彧安排去与徐晃作伴了。
自此，何彧借着新皇登基的机会，将几大士族几乎是一脚踢出朝堂，同时将北方七州完全的掌握在了手中，也是从这一刻开始，何彧与士族豪强正式撕破脸，南方几州士族皆称何彧是窃汉之贼，大权独揽，“挟天子以令诸侯”，竟形成联合之势。其中最具代表的是益州本土世家、荆襄、江东世家联盟，汝南袁氏，徐州陈氏等等，也是从这一刻开始，被后世称为“世家之乱”的时期，正式开始。