王世充割据政权被削平，杜淹被处以死罪，后经晦方求秦王，将其赦免。
又经秦王府谋士房玄龄推荐，引秦王府兵曹参军，充文学馆学士。
武德七年（624年），因李建成政变一事，被流放嶲州（故治在今四川西昌）。
武德九年（626年）八月，秦王李世民登基皇位后，杜淹被召回朝，拜为御史大夫，封安吉郡公。
贞观元年（627年），太宗又命其以检校吏部尚书参议朝政大事。
贞观二年（628年）三月，奉命巡视关内诸州县。
同年十月，因病而亡。朝廷追赠尚书右仆射，谥号为襄。
“倒也算是个不错的人才，而且这技能倒是更加偏向于伯乐啊，历练几年召回朝中倒是不错的！”
杜淹嘛，王晨自己也是知道一些的，人品是差了些。
杜淹因与侄子杜如晦不睦，便在王世充面前进谗，致使杜如晦的兄长杜某（名不详）被杀。
但为官尚可，还是可以用一用的，毕竟但凡这杜淹能力不成的话，李世民也不可能让其身兼二职的。
虽然不是清廉的官，但真正的清官又能有多少呢，你收礼可以，能替朝廷办事就可以了。
就如现在的太仆寺卿和珅一样，天天收礼收到手软，但是人家可以办实事啊，而且关键时刻还能割韭菜，这多香啊。