而许小凡的闭关并未在年终出关，到了688年，春，正月，甲子，武则天于神都立高祖、太宗、高宗三庙，四时享祀如西庙之仪。
又立崇先庙以享武氏祖考。太后命有司议崇先庙室数，司礼博士周悰请为七室，又减唐太庙为五室。春官侍郎贾大隐奏：“礼，天子七庙，诸侯五庙，百王不易之义。
今周悰别引浮议，广异述文，直崇临朝权仪，不依国家常度。
皇太后亲承顾托，光显大猷，其崇先庙室应如诸侯之数，国家宗庙不应辄有变移。”太后乃止。
太宗、高宗之世，屡欲立明堂，诸儒议其制度，不决而止。
及太后称制，独与北门学士议其制，不问诸儒。
诸儒以为明堂当在国阳丙己之地，三里之外，七里之内。太后因为去宫太远。
二月，庚午，毁乾元殿，于其地作明堂，以僧怀义为之使，凡役数万人。
夏，四月，戊戌，杀太子通事舍人郝象贤。象贤，处俊之孙也。
初，太后有憾于处俊，会奴诬告象贤反，太后命来俊鞫之，致象贤族罪。象贤家人诣朝堂，讼冤于监察御史乐安任玄殖。玄殖奏象贤无反状，玄殖坐免官。
象贤临刑，极口骂太后，发扬宫中隐慝，夺市人柴以击刑者；金吾兵共格杀之。太后命支解其尸，发其父祖坟，毁棺焚尸。自是终太后之世，法官每刑人，先以木丸塞其口。
武承嗣使凿白石为文曰：“圣母临人，永昌帝业。”末紫石杂药物填之。
庚午，使雍州人唐同泰奉表献之，称获之于洛水。太后喜，命其石曰“宝图”，擢同泰为游击将军。
五月，戊辰，诏当亲拜洛，受“宝图”；有事南郊，先谢昊天；礼毕，御明堂，朝群臣。命诸州都督、刺史及宗室、外戚以拜洛前十日集神都。
乙亥，太后加尊号为圣母神皇。
六月，丁亥朔，日有食之。
壬寅，作神皇三玺。
东阳大长公主削封邑，并二子徙巫州。公主适度履行，太后以高氏长孙无忌之舅族，故恶之。
河南道巡抚大使、冬官侍郎狄仁杰以吴、楚多淫祠，奏焚其一千七百馀所，独留夏禹、吴太伯、季札、伍员四祠。
秋，七月，丁巳，赦天下。更命“宝图”为“天授圣图”；洛水为永昌洛水，封其神为显圣侯，加特进，禁渔钓，祭祀比四渎。名图所出曰“圣图泉”，泉侧置永昌县。又改嵩山为神岳，封其神为天中王，拜太师、使持节、神岳大都督，禁刍牧。又以先于汜水得瑞石，改汜水为广武。
越王贞举兵于豫州，遣兵陷上蔡。九月，丙辰，命左豹韬大将军麹崇裕为中军大总管，岑长倩为后军大总管，将兵十万以讨之。
又命张光辅为诸军节度。削贞、冲属籍，更姓虺氏。
贞闻冲败，欲自锁诣阙谢罪，会所署新蔡令傅延庆募得勇士二千馀人，贞乃宣言于众曰：“琅邪已破魏、相数州，有兵二十万，朝夕至矣。”
发属县兵共得五千，分为五营，使汝阳县丞裴守德等将之，署九品以上官五百馀人。
所属官皆受迫胁，莫有斗志，惟安德与之同谋，贞以其女妻之，署大将军，委以腹心。贞使道士及僧诵经以求事成，左右及战士皆带辟兵符。
麹崇裕等军至豫州城东四十里，贞遣少子规及裴守德拒战，兵溃而归。贞大惧，闭阁自守。崇裕等至城下，左右谓贞曰：“王岂可坐待戮辱。”贞、规、守德及其妻皆自杀。与冲皆枭首东都阙下。
济州刺史薛顗、顗弟绪、绪弟驸马都尉绍，皆与琅邪王冲通谋。
顗闻冲起兵，作兵器，募人；冲败，杀录事参军高纂以灭口。
十一月，辛酉，顗、绪伏诛，绍以太平公主故，杖一百，饿死于狱。
十二月，乙酉，司徒、青州刺史霍王元轨坐与越王连谋，废徙黔州，载以槛车，行至陈仓而死。江都王绪、殿中监成公裴承先皆戮于市。承先，寂之孙也。
命裴居道留守西京。
689年春，正月，乙卯朔，大飨万象神宫，太后服衮冕，搢大圭，执镇圭为初献，皇帝为亚献，太子为终献。先诣昊天上帝座，次高祖、太宗、高宗，次魏国先王，次五方帝座。太后御则天门，赦天下，改元。丁巳，太后御明堂，受朝贺。戊午，布政于明堂，颁九条以训百官。己未，御明堂，飨群臣。
二月，丁酉，尊魏忠孝王曰周忠孝太皇，妣曰忠孝太后，文水陵曰章德陵，咸阳陵曰明义陵。置崇先府官。戊戌，尊鲁公曰太原靖王，北平王曰赵肃恭王，金城王曰魏义康王，太原王曰周安成王。
三月，甲子，张光辅守纳言。
壬申，太后问正字陈子昂当今为政之要。子昂退，上疏，以为：“宜缓刑崇德，息兵革，省赋役，抚慰宗室，各使自安。”辞婉意切，其论甚美，几三千言。
癸酉，以天官尚书武承嗣为纳言，张