从1797年11月，到1798年4月间，也就是法普开战之前的这半年时间里，依照安德鲁统帅的意见，总参谋部联合6军部，对法军40多万野战部队的（集团）军1级的主要指挥官，进行了小范围的调整与补充。
5月12日，在完成3易其稿的“黑色方案”获得通过后，安德鲁随即以法国最高统帅的身份，在巴黎签署了“1号作战指令”。分别任命索汉、佩里尼翁、席塞尔与马塞纳，为西普鲁士方面军、中普鲁士方面军、东普鲁士方面军与波兰方面军的总指挥。
至于原匈牙利方面军的总指挥官，塞律里埃中将，他被改任多瑙河方面军的司令官，留守在奥地利西部的林茨1带；并在军情局和维也纳使领馆的配合下，严密监视美泉宫和弗兰茨2世的1举1动。
伴随上述作战令1同下达的，还有1份晋升令，那是马塞纳被授予（战时）中将军衔。
事实上，作为第1军军长的德赛，其在德意志战争、哈布斯堡王朝战争，以及荷兰战争中的优异表现，要远胜于马塞纳。
毫无疑问，很多人认为最高统帅对马塞纳的任命，显然是顾及了原意大利方面军的情绪，以免造成厚此薄彼的影响。
当然，依照军事管理条例，方面军总指挥的军衔为中将，且原则上也不得兼下属（集团）军的指挥官。基于此，原第11军的军长1职，交由米歇尔·内伊将军担当。
在1796年到1797年的德意志与哈布斯堡王朝战争中，内伊1贯表现的相当出色，他熟知步骑炮兵，战术技巧高超，作战勇敢，备受官兵爱戴。
在最为关键的林茨之战中，内伊曾3次负伤，1次伤腿，1次伤脚，1次伤手。包扎好伤口后，内伊都拒绝离开阵地，依然坚守在第1线，成功鼓舞了部下的士气，最终1举拿下了3座要塞。
事后，29岁的内伊被安德鲁执政官誉为“勇士中的勇士”，全军通报表扬。因此，在普鲁士战争开始之前，他和11军被调往佩里尼翁指挥的中普鲁士方面军。该方面军属于法国的主攻部队。
除了内伊将军成为1798年的法军序列中，耀眼的“将领之星”外，28岁的路易·尼古拉·达武将军，也得到了安德鲁统帅青睐。
在北海运河之战中，达武替代了坠马负伤的指挥官，以代理师长的身份，指挥9千人，在荷兰枪骑兵的配合下，以及30多门火炮的掩护下，1路追着2万多英军，狂奔了近40公里，从阿姆斯特丹城下，直到北海运河的入海口……
事后，达武结束了从1794年开始，长达4年的准将生涯，最终晋升到少将军衔。今年3月，达武被任命为宪兵第2师团（军1级）的指挥官，成为法军中另1颗冉冉升起的“希望之星”。
5月下旬，14个集团军和2个军1级的近卫师团，以及它们麾下的各师旅团，依照统帅部和总参谋部的要求，完成了全部调整。目前法国16个集团军的指挥官名单，如下：
第1军军长，德赛；第2军军长，圣西尔；第3军军长，麦克唐纳；第4军军长，克莱贝尔（45岁）；第5军军长，莫蒂埃；
第6军军长勒费弗尔（41岁）；第7军军长维克多；第8军军长，苏尔特；第9军军长，旺达姆；第11军军长，内伊（替代已晋升波兰方面军的马塞纳）；
第12军军长，奥热罗；第13军军长，兰德尔（替代塞律里埃）；第14军军长，儒贝尔；近卫第1师团（军级），指挥官贝西埃尔；近卫第2师团（师级），指挥官达武。
此外，统帅部下属还有各直属作战部队，这包括霍斯将军指挥的山地旅（师级），弗恩将军指挥的特殊作战部队（旅级），以及数十艘蒸汽炮艇组成的内河舰队，等等。
在共和国现有的14个（集团）军中，有4个军并不直接参与对普鲁士的战争，他们是：
德赛的第1军和维克多的第7军，目前将布防于比利时和荷兰1带，重点防御海峡对岸的英国；
儒贝尔的14军隶属于马塞纳的波兰方面军，防范涅曼河东面的俄国-军队；
兰德尔的第3军，依然属于塞律里埃中将的多瑙河方面军，目标是监视战败中的奥地利及附庸克罗地亚和斯洛文尼亚。
其余10个野战军，以及2个宪兵师团（军级编制），合计12个军，约近30万精锐法军都将进入北德意志战场。
不仅如此，以鲁尔、巴登、符腾堡、巴伐利亚为核心的德意志诸侯也将从国内或其他自由城市里，招募到8万士兵，配合法军主力进攻普鲁士与北德意志联军；
而以荷兰、瑞士、波兰、捷克、斯洛伐克、匈牙利等的仆从国也将调来10万军队，其中5万人会参与北德意志的战争，至于余下的5万人与法国的14军1到，加入波兰方面军，全力防范涅曼河对岸的俄国-军队。
至于意大利北部诸侯也将拼凑出2万军队，不过他们不是参与普鲁士战争，而是进入奥地利的南部