将人杀死后，将他们的头颅割下挂在道路两旁的柱子上 。
在清共过程中，军方还将目标对准了苏加诺的总统权力。
1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署所谓的"三一一命令"，把行政权力移交给苏哈托。
1967年3月12日，军方操纵的临时人民协商会议一致通过撤销对苏加诺总统的任命，剥夺其所有职权。
苏哈托也开始了他对爪哇长达30多年的铁腕统治
1965年那场屠杀将苏哈托带到了爪哇权力的巅峰，在当时的国际形势下亲美反共成了他对内实现爪哇民族的认同，对外提升国际地位的快速途径。而当时正值龙国大陆处在特殊时期。
爪哇军方将龙国大陆视为爪哇共产党的后盾，"9·30"事件因此被祸水东引到了华人身上。
其间爪哇军方曾诬称有9名大雅族(印尼高山原住民)耆老被华人所杀，挑拨大雅族对华人的仇视。
报仇心切的大雅人，在许多华人住所前放置盛有鸡血或狗血的红色土碗。
这就是大雅人复仇的记号，任何大雅人见到红碗都有责任将屋里的人屠戮殆尽 。
根据幸存者的陈述至少有好几个地方发生"屠村"事件。"沟水都变成红色"，"大雅人杀华人，就像劏鸡逮鸭一样"。
美丽国中央情报局曾把这段悲剧称为"20世纪最惨的集体谋杀"，具体罹难人数迄今没有确切数据。
据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大约有25万到50万人被杀，另有大量入狱者;据爪哇国官方在1975年公布的数据，则为45到50万左右。真实数字当远不止此。